Hovedudstillingen, som åbnede i marts 2017 efter en større ombygning af museet, hedder ”Menneske og Fjord” og beretter om, hvordan menneskets forhold til Roskilde Fjord har ændret sig gennem tiden – fra fortidens mennesker, der søgte mod fjorden for at finde den livsnødvendige føde og sejle videre ud i verden, til nutidens mennesker for hvem fjordens natur er det dragende. Stouenborg var både med i planlægningen og selve udførelsen af udstillingen, som både er lærerig og engagerende. De besøgende kan selv dykke ned i de forskellige fortællinger og opleve historien på nært hold. F.eks. kan man prøve den interaktive fjordsimulator, hvor man kan dreje sig frem og tilbage i tid og se, hvor meget fjorden har ændret sig de sidst 10.000 år. Man er ikke bare tilskuer, men tager selv del i historien. En historie, der både beretter om en fjord, en by og et folk, der er i stadig udvikling den dag i dag.